Kota Baubau ada di Pulau Buton yang berada di samping tenggara jazirah Pulau Sulawesi. Pulau ini dijepit oleh lautan, yakni Laut Banda di samping utara dan timur, selanjutnya Laut Flores di samping selatannya, dan di samping barat ada Selat Buton dan Teluk Bone.

Dari segi tempat secara nasional, Kota Baubau adalah kota yang mempunyai tempat vital. Kota Baubau ialah wilayah penyambung (connecting tempat) di antara Teritori Barat Indonesia (KBI) dengan Teritori Timur Indonesia (KTI). Disamping itu untuk warga wilayah hinterlandnya (Kabupaten Buton, Kabupaten Muna, Kabupaten Wakatobi, Kabupaten Bombana, Kabupaten Buton tengah dan Kabupaten Buton Selatan), Kota Baubau berperanan sebagai wilayah akumulator hasil produksi dan distributor keperluan wilayah itu. Kota Baubau yang ada pada Selat Baubau dan adalah mulut Tenggara dari daerah Laut Teluk Bone ada pada perubahan titik episentrum ekonomi kelautan teritori pasifik sebagai masa datang untuk perkembangan teritori Timur Indonesia.